วัดพระโต เป็นวัดที่สืบนามมาจากวัดป่าแดง เพราะอาศัยพระนามของพระพุทธรูปประธานองค์ใหญ่ คือ “หลวงพ่อโต” จึงมีนามว่า “วัดพระโต”สร้างขึ้นในสมัยพระยาวิเศษภักดี (ชม) เจ้าเมืองศรีสะเกษ คนที่ ๒ โดยนายช่างนครจำปาสัก ชื่อว่า อาจารย์ศรีธรรมา ผู้สืบเชื้อสายมาจากจารย์เชียง เจ้าเมืองศรีนครเขต เมื่อปี พ.ศ.๒๓๒๘ หลังการสถาปนากรุงเทพมหานคร ๓ ปี มีความเป็นมาสังเขปดังนี้

            วัดพระโต นามเดิม คือ วัดป่าแดง เป็นวัดสำคัญที่เกี่ยวข้องกับประวัติเมืองศรีสะเกษอย่างแนบแน่น ถือว่าเป็นวัดคู่บ้านคู่เมืองศรีสะเกษมาตั้งแต่ยุคเมืองศรีนครเขต จากหลักฐานต่าง ๆพอประมวลสรุปได้ว่า บริเวณพื้นที่ที่ตั้งเมืองศรีสะเกษปัจจุบัน แต่เดิมอยู่ภายใต้อำนาจการปกครองของนครจำปาศักดิ์น่าจะมีการปกครองแบบหัวเมือง โดยอาศัยหลักจารีต ขนบธรรมเนียม ประเพณี เช่น พิธีฮดสรงน้ำ เปลี่ยนผ้าไตรแก่พระสงฆ์ผู้ใหญ่ จะมีชื่อชั้นสมณศักดิ์ว่า สำเร็จ ญาชา ญาคู จ่างหว่าง หลักคำ เป็นต้น  และประเพณีสิบสองเดือน เช่น ฮีตสิบสอง ครองสิบสี่ ส่วนการปกครองบ้านเมือง ใช้ระบบอาญาสี่ หรืออาชญาสี่ ซึ่งเป็นระบบปกครองสูงสุด  คือ ๑. เจ้าเมือง  ๒. อุปฮาด ผู้ช่วยเจ้าเมือง ๓. ราชวงศ์ ผู้ช่วยเจ้าเมืองและอุปฮาด ๔. ราชบุตร มีหน้าที่ผลัดเปลี่ยนกับราชวงศ์ และตำแหน่งสำหรับหมู่บ้าน ๔ ตำแหน่ง คือ ๑. ท้าวฝ่าย เทียบตำแหน่งนายอำเภอ ๒. ตาแสง เทียบตำแหน่งกำนัน ๓. พ่อบ้าน/นายบ้าน เทียบตำแหน่งผู้ใหญ่บ้าน และ ๔. จ่าบ้าน เทียบตำแหน่งสารวัตรหมู่บ้าน/ตำบล ซึ่งถือเป็นหลักจารีตนิยมเป็นฮีตครองในภาคอีสานเรื่อยมากระทั่งมีการเปลี่ยนชื่อมณฑลลาวกาว เป็นมณฑลตะวันออกเฉียงเหนือ แม้เหตุการณ์ที่เกี่ยวข้องกับบุคคลต่างๆ ในการสร้างบ้านแปลงเมือง ก็มักจะมีเรื่องจารีตของชื่อบุคคลเสมอ เช่น เชียงขัน เชียงปุ่ม เชียงฆะ เชียงสี และเชียงไชย ถือว่าเป็นบัณฑิตทางธรรม (คำว่า เชียง เทียบกับฑิตของไทย หรือเซียง ในภาษาอีสาน หมายถึงคนที่สึกจาก สามเณร) เป็นต้น

            ประวัติวัดพระโต จึงเกี่ยวข้องกับประวัติการสร้างเมืองศรีสะเกษอย่างแยกกันไม่ออก ถ้าต้องการทราบประวัติวัดพระโต ก็ควรจะทราบประวัติของเมืองขุขันธ์และเมืองศรีสะเกษเสียก่อน เพราะจังหวัดศรีสะเกษ แต่เดิมเป็นส่วนหนึ่งของเมืองขุขันธ์ ซึ่งก่อนโน้นเรียกว่า บ้านปราสาทสี่เหลี่ยมโคกลำดวน (นัยว่า คือบ้านดวนใหญ่ อำเภอวังหิน ในปัจจุบัน) ต่อมาได้ย้ายบ้านไปตั้งทางทิศใต้ได้แก่อำเภอขุขันธ์ในปัจจุบัน แต่ก็ยังคงชื่อดงลำดวนไว้ จึงมีชื่อว่า บ้านปราสาทสี่เหลี่ยมโคกลำดวน

            ลุ พ.ศ.๒๓๒๕ พระภูธรภักดีสงคราม (อุ่น) ปลัดเมืองขุขันธ์ กราบบังทูลขอแยกตัวจากเมืองขุขันธ์ไปตั้งเมืองใหม่ พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก รัชกาลที่ ๑ แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ จึงโปรดเกล้าฯให้ยกบ้านโนนสามขา สระกำแพง (เคยเป็นเมืองเก่า ชื่อ สดุกอำพิล สมัยขอมเรืองอำนาจ อยู่ในเขตอำเภออุทุมพรพิสัย) ขึ้นเป็นเมือง เรียกว่า “เมืองศรีสะเกศ” แล้วโปรดเกล้าฯให้พระภูธรภักดีสงคราม (อุ่น) ปลัดเมืองขุขันธ์ เป็นพระยารัตนวงศา เจ้าเมืองศรีสะเกศ คนแรก ให้ขึ้นตรงต่อเมืองนครราชสีมา

            อันพระยารัตนวงศา (อุ่น) สืบเชื้อสายมาจากจารย์แก้ว (ขุนบูฮม,ขุนบุรม) แห่งเมืองท่ง (กุลา) หรือ เมืองสุวรรณภูมิ โดยบุตรีคนหนึ่งของจารย์แก้ว เป็นภรรยาคนที่สองของ ตากจะ แห่งหมู่บ้านปราสาทสี่เหลี่ยมโคกลำดวน (เมืองขุขันธ์) มีบุตรธิดา ๒ คน คือ นางวันนา ต่อมาเป็นภรรยาของจารย์ศรีธรรมา นายช่างหลวง นครจำปาสัก และพระยารัตนวงศา (อุ่น) ตามข้อสันนิษฐาน เมื่อพระยารัตนวงศา เป็นเจ้าเมืองศรีสะเกศ ต้องมีการเร่งปรับปรุงบ้านเมือง และสิ่งที่ขาดไม่ได้ คือ การสร้างวัดประจำเมือง หรือ ประจำตระกูล อาจเป็นไปได้ว่า เจ้าเมืองศรีสะเกศ น่าจะทราบอยู่ก่อนแล้วถึงวัดป่าแดง และวัดอื่น ๆ ที่ร้างไปก่อนสร้างเมืองศรีสะเกศ จึงตกลงใจเลือกที่จะฟื้นฟูสภาพวัดที่บรรพบุรุษสร้างไว้ คือวัดป่าแดง แต่ยังไม่ทันดำเนินการสร้างวัดใหม่ ก็ได้ถึงแก่กรรมเสียก่อนในปี พ.ศ.๒๓๒๘ พระยารัตนวงศา (อุ่น) เป็นเจ้าเมืองศรีสะเกศ ๓ ปี (ระหว่าง พ.ศ.๒๓๒๕-๒๓๒๘)

            พ.ศ.๒๓๒๘ พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก ทรงกระกรุณาโปรดเกล้าฯให้ พระยาวิเศษภักดี (ชม) บุตรพระยารัตนวงศา (อุ่น) เป็นเจ้าเมืองศรีสะเกษ คนที่ ๒ ในสมัยนี้ ได้กราบบังคมทูลขอย้ายเมืองจากบ้านโนนสามขา สระกำแพง มาตั้งที่ฝั่งลำห้วยสำราญ บริเวณที่ตั้งศาลากลางจังหวัด และศาลหลักเมืองศรีสะเกษทุกวันนี้

            ในยุคเมืองศรีนครเขตและระยะแรกแห่งการสร้างเมืองศรีสะเกษ ได้มีการสร้างวัดมาก่อนแล้วหลายวัด ซึ่งแต่ละวัดได้ตั้งรายล้อมวัดพระโตทั้งสี่ทิศ เหมือนจะน้อมถวายสักการะแด่องค์หลวงพ่อโต บางวัดกลายเป็นวัดร้างแบบยั่งยืน ส่วนอีกบางวัด ได้รับการฟื้นฟูพัฒนาขึ้นมาใหม่ จนกลายเป็นวัดที่มีบทบาทสำคัญต่อการคณะสงฆ์และการพระศาสนาในปัจจุบัน อาทิ

๑. ทิศตะวันออก มีวัดศรีสุมังคล์ หรือ วัดหลวงสุมังคลาราม (ธ) พระอารามหลวง และวัดเลียบบูรพาราม ตำบลเมืองใต้ อำเภอเมืองศรีสะเกษ

๒. ทิศตะวันตก มีวัดท่าเหนือ หรือวัดท่าสำราญ ตั้งอยู่บนฝั่งห้วยสำราญ บริเวณที่ตั้งศาลากลางจังหวัดศรีสะเกษปัจจุบัน หลักฐานสำคัญ คือ ต้นโพธิ์ ซึ่งยังคงหลงเหลืออยู่

๓. ทิศเหนือ มีวัดท่าโรงช้าง หรือ วัดท่าวิเศษกุญชร ปัจจุบัน คือวัดศรีมิ่งเมือง ตำบลเมืองเหนือ อำเภอเมืองศรีสะเกษ

๔. ทิศใต้ มีวัดโนนสามขา หรือ วัดเจียงอี ปัจจุบัน คือ วัดเจียงอีศรีมงคลวราราม พระอารามหลวง

เมื่อพระยาวิเศษภักดี (ชม) ได้สร้างวัด สร้างเสนาสนะ และถาวรวัตถุต่าง ๆแล้ว ได้นิมนต์พระสงฆ์ซึ่งเป็นที่เคารพนับถือเข้ามาพำนักอาศัย แต่พระสงฆ์ที่นิมนต์เข้ามาพำนักอาศัยในครั้งนั้น ไม่สารถระบุได้ว่า ชื่ออะไร มาจากไหน หากพิจารณาตามเหตุผลและหลักฐานประกอบหลายๆอย่าง พอจะอนุมานได้ว่า วัดพระโต เป็นวัดสำคัญคู่บ้านคู่เมืองศรีสะเกษ เป็นวัดที่เจ้าเมืองสร้าง ให้เป็นศูนย์รวมจิตใจและความสามัคคีของผู้คนในบ้านเมือง เป็นได้ว่า พระสงฆ์ที่จะได้รับนิมนต์เข้ามาพำนักอาศัย จะต้องเป็นพระสงฆ์ที่ทรงภูมิรู้และภูมิธรรมและมีปฏิปทาเป็นที่น่าเลื่อมใสศรัทธาของประชาชน หรือไม่ก็เป็นพระสงฆ์ที่นิมนต์มาจากถิ่นอื่น เช่น เมืองขุขันธ์ หรือ นครจำปาสัก เป็นต้น ต่อมาในช่วงปลายชีวิตของพระยาวิเศษภักดี ได้ปรากฏชื่อพระสงฆ์ที่เป็นเจ้าอาวาสวัดพระโตอยู่หลายรูป แต่ไม่ทราบรายละเอียดว่า มีชาติภูมิอยู่ที่ไหน เป็นเจ้าอาวาสตั้งแต่เมืองไร เช่น พระหลักคำหงส์ พระครูจันดา พระครูเพ็ง พระครูสงฆ์ เป็นต้น

พระยาวิเศษภักดี (ชม) ถึงแก่กรรม เมื่อ พ.ศ.๒๓๖๗ ดำรงตำแหน่งเจ้าเมืองศรีสะเกษ ๓๕ ปี (พ.ศ.๒๓๒๘-๒๓๖๗) ในยุคนี้ ถือว่าเป็นยุคทองของวัดพระโต ที่มีความเจริญรุ่งเรืองทุกด้าน ได้แก่ การปกครองคณะสงฆ์ การศึกษา การเผยแผ่และการสาธารณูปการ จึงถือได้ว่า ท่านพระยาวิเศษภักดี (ชม) เป็น พหุการกบุคคล ผู้มีอุปการคุณยิ่งยวดต่อวัดพระโต และเป็นปูชนียบุคคล ของปัจฉิมตาชน ผู้อุปถัมภ์ และทะนุบำรุงวัดพระโต และพระพุทธศาสนาสืบมาจนปัจจุบัน

            พ.ศ.๒๓๖๘ ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๓

ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯแต่งตั้งให้พระยาวิเศษภักดี (บุญจันทร์) ปลัดเมืองศรีสะเกษ เป็นเจ้าเมืองศรีสะเกษ ในระยะเวลานี้ ได้มีการก่อสร้างเสนาสนะ เช่น กุฎีสงฆ์ ประมาณ ๒ หลัง โครงสร้างทำด้วยไม้ ทางด้านทิศตะวันตกเฉียงใต้ของวัด ซึ่งก็คือ ที่ตั้งโรงเรียนวัดมหาพุทธารามทุกวันนี้ พระยาวิเศษภักดี (บุญจันทร์) ถึงแก่กรรม เมื่อ พ.ศ.๒๔๒๔ ด้วยสาเหตุคือลงอาบน้ำที่ลำห้วยสำราญ (ท่าสะพานขาว) เป็นตะคริวจมน้ำหายไป (พ.ศ.๒๓๖๘-๒๔๒๔ รวม ๕๖ ปี)

            พ.ศ.๒๔๒๔ พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๕ ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้ง พระพรหมภักดี (โท) ยกระบัตรเมืองศรีสะเกษ บุตรหลวงวิเศษ เป็นพระยาวิเศษภักดี เป็นเจ้าเมืองศรีสะเกษ คนที่ ๔ ในระยะเวลานี้  ทางการบ้านเมือง ได้มีการประกอบพิธีสำคัญที่วัดพระโต เช่นพิธีถือน้ำพิพัฒน์สัตยา พิธีถวายเครื่องสักการะเนื่องในงานเทศกาลไหว้หลวงพ่อโต ในช่วงเดือนมีนาคม-เมษายนทุกปี และพิธีกราบถวายเครื่องสักการะ ของเจ้าเมือง ข้าหลวง และผู้ว่าราชการจังหวัด ที่ได้รับโปรดเกล้าฯ หรือคำสั่งให้มาดำรงตำแหน่งปกครองเมืองศรีสะเกษ  พระยาวิเศษภักดี (โท) เป็นเจ้าเมืองศรีสะเกษ คนสุดท้ายก่อนจะมีการปฏิรูปการปกครองบ้านเมือง (พ.ศ.๒๔๒๔-๒๔๗๕)

            พ.ศ.๒๔๗๖ ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๗ ได้มีการเปลี่ยนแปลงการปกครองจากระบอบราชาธิปไตย หรือระบอบสมบูรญาณาสิทธิราชย์ มาเป็นระบอบประชาธิปไตย อันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุขได้มีการตราพระราชบัญญัติระเบียบการบริหารแห่งราชอาณาจักรสยาม แบ่งการปกครองส่วนภูมิภาคเป็น จังหวัด อำเภอ ตำบล และหมู่บ้าน จนถึง พ.ศ.๒๔๘๑ จึงเปลี่ยนชื่อจากจังหวัดขุขันธ์มาเป็นจังหวัดศรีสะเกษจนถึงปัจจุบัน