วัดมหาพุทธาราม ในปัจจุบัน  เดิมชื่อ วัดป่าแดง และวัดพระโต ก่อน พ.ศ.๒๓๒๕ ชื่อว่า “วัดป่าแดง” พ.ศ.๒๓๒๕-๒๔๙๐ ยุคเมืองศรีนครเขต-ศรีสะเกษ ชื่อว่า “วัดพระโต” เป็นวัดฝ่ายคามวาสี และอรัญวาสี ความหมายปัจจุบัน คามวาสี  เป็นวัดฝ่ายคันถธุระ ที่จัดการศึกษาพระปริยัติธรรมทั้งแผนกธรรม-แผนกบาลี และจัดการศึกษาสงเคราะห์แก่กุลบุตร กุลธิดา ส่วนอรัญวาสี เป็นวัดฝ่ายวิปัสสนาธุระ เน้นและส่งเสริมการปฏิบัติกัมมัฎฐาน หรือเป็นสำนักปฏิบัติธรรมประจำจังหวัดที่มหาเถรสมาคมประกาศขึ้นทะเบียน

ก่อนจะมาเป็นวัดมหาพุทธาราม มีเหตุการณ์สำคัญเกิดขึ้นในการคณะสงฆ์จังหวัดศรีสะเกษ (เฉพาะบางส่วน) อันเนื่องมาจากการยกเลิกพระราชบัญญัติลักษณะปกครองคณะสงฆ์ ร.ศ.๑๒๑ (พ.ศ.๒๔๔๕) แล้วประกาศใช้พระราชบัญญัติคณะสงฆ์ พุทธศักราช ๒๔๘๔ เพื่ออนุวัตรตามการปกครองฝ่ายบ้านเมือง ตามระบอบประชาธิปไตย โดยการจัดการบริหารราชการแผ่นดินแบบอธิปไตย ๓ คือ อำนาจนิติบัญญัติ ๑ อำนาจบริหาร ๑ อำนาจตุลาการ ๑ แต่ละฝ่ายต่างเป็นอิสระในการปฏิบัติหน้าที่ ส่วนคณะสงฆ์ ได้จัดระบบบริหารคณะสงฆ์คล้อยตามฝ่ายบ้านเมืองเป็น ๓ อำนาจ คือ อำนาจสังฆาณัติ (นิติบัญญัติ) ผ่านสังฆสภา ๑ อำนาจบริหาร ผ่านคณะสังฆมนตรี ๑ อำนาจตุลาการ ผ่านคณะวินัยธร ๑

ในส่วนการปกครองคณะสงฆ์ส่วนกลาง แบ่งออกเป็น ๔  องค์การ แต่ละองค์การ ให้มีสังฆมนตรีว่าการองค์การ ๆ ละ ๑ รูป ถ้าเห็นสมควรจะกำหนดให้มีสังฆมนตรีช่วยก็ได้ ดังนี้

๑. องค์การปกครอง                  

๒. องค์การศึกษา

๓. องค์การเผยแผ่

๔. องค์การสาธารณูปการ

ส่วนการปกครองคณะสงฆ์ส่วนภูมิภาค ให้เป็นไปตามระเบียบที่กำหนดไว้ในสังฆาณัติ เช่นให้ผู้ตรวจการภาค มีคณะกรรมการสงฆ์จังหวัดโดยมีเจ้าคณะจังหวัดเป็นประธาน และคณะกรรมการสงฆ์อำเภอโดยมีเจ้าคณะอำเภอเป็นประธานอนุวัตรตามการปกครองคณะสงฆ์ส่วนกลาง ยกเว้นระดับแขวง ระดับตำบล และวัด คงให้เป็นไปตามหลักจารีตนิยม

            จนกระทั่งประมาณ พ.ศ.๒๔๘๔ หลังจากพระครูธรรมจินดามหามุนี (เดช มหาปุญฺญเถร) เจ้าอาวาสวัดพระโต ได้ถึงแก่มรณภาพ ได้มีการเคลื่อนไหวของคณะบุคคลบางฝ่าย ซึ่งมีความคิดที่จะเปลี่ยนแปลงการปกครองวัดพระโต ให้เป็นไปตามความประสงค์จะให้เป็น โดยอ้างว่า เพื่อเป็นการยกฐานะของวัดให้สูงขึ้น (อันที่จริง ความพยายามจะเปลี่ยนแปลงได้มีมาตั้งแต่สมัยที่พระครูธรรมจินดามหามุนี ยังดำรงตำแหน่งเจ้าคณะเมืองศรีสะเกษแล้ว)กว่าที่เป็นอยู่ในปัจจุบัน

            ครั้นลุ พ.ศ.๒๔๘๔ พระมหาอิ่ม (สายชมภู) เปรียญธรรม ๕ ประโยค น.ธ.เอก วัดหลวงสุมังคลาราม (ธ) ได้รับโปรดแต่งตั้งเป็นเจ้าคณะเมืองศรีสะเกษ พ.ศ.๒๔๘๖ ได้รับพระราชทานสมณศักดิ์เป็นพระครูสัญญาบัตรตำแหน่งเจ้าคณะเมือง ในราชทินนนามที่ “พระครูชินวงศ์ปฏิภาณ” พ.ศ.๒๔๙๐ ได้รับพระราชทานสมณศักดิ์เป็นพระราชาคณะชั้นสามัญในราชทินนนามที่ “พระชินวงศาจารย์” ซึ่งถือว่าเป็นพระราชาคณะรูปแรกของจังหวัดศรีสะเกษ ปกครองคณะสงฆ์ทั้งสองนิกายคือ ธรรมยุตและมหานิกาย ครั้นถึง พ.ศ.๒๔๙๔ คณะสงฆ์ไทย ได้แยกการปกครองออกเป็นคณะธรรมยุต กับ คณะมหานิกาย ตำแหน่งเจ้าคณะเมืองศรีสะเกษได้เปลี่ยนเป็นเจ้าคณะจังหวัด พระชินวงศาจารย์ปกครองเฉพาะคณะธรรมยุต เปลี่ยนชื่อตำแหน่งว่า “เจ้าคณะธรรมยุตจังหวัดศรีสะเกษ” ส่วนตำแหน่งผู้ปกครองคณะมหานิกาย เรียกว่า “เจ้าคณะจังหวัดศรีสะเกษ” สืบมาจนทุกวันนี้ (พระราชเมธี (วรวิทย์).ประวัติเมืองในเขตภาค ๑๐.ตอนประวัติศรีสะเกษ)     

ในการเปลี่ยนแปลงชื่อตำแหน่งการปกครองคณะสงฆ์จังหวัดศรีสะเกษครั้งนั้น ก่อนที่จะมีการแต่งตั้งเจ้าคณะจังหวัดศรีสะเกษฝ่ายมหานิกาย ได้มีการแสดงสังฆมติ (สมัยพระวินัยธรทองพูล เป็นเจ้าอาวาส) เพื่อเปลี่ยนชื่อวัดพระโตใหม่ นัยว่าเพื่อให้ทันสมัยกว่าเดิม ครั้งนั้นได้แบ่งแนวคิดออกเป็น ๒ แนวคิด คือ แนวคิดที่ ๑พระเดชพระคุณ ท่านเจ้าคุณพระชินวงศาจารย์ (อิ่ม) ในฐานะเจ้าคณะจังหวัดศรีสะเกษทั้งสองนิกาย (ขณะนั้น) เห็นว่า ควรจะเปลี่ยนชื่อวัดพระโตเป็น “วัดมหาพุทธวิสุทธาราม” และแนวคิดที่ ๒ เห็นว่า ชื่อดังกล่าว เรียกยาก จำยาก ควรจะหาชื่อที่เหมาะสมและเรียกง่ายกว่าชื่อนี้ ในที่สุด กรรมการสงฆ์จังหวัดศรีสะเกษ จึงเสนอเรื่องดังกล่าวไปยังสังฆมนตรีว่าการองค์การสาธารณูปการ ๆ ได้มีบัญชาให้เปลี่ยนชื่อวัดพระโตเป็น “วัดมหาพุทธาราม” เมื่อวันที่ ๑๖  พฤษภาคม ๒๔๙๐ (อ้างบันทึก พระมหาประยูร วัดมหาพุทธาราม) และก็ใช้ชื่อ “วัดมหาพุทธาราม” ตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมาจนปัจจุบัน..